شاید بتوان ریشه این موضوع را در دعواهای قانونی قوای دیگر با دولت دانست که همواره این دعواها جزئی جدایی‌ناپذیر از دولت‌های نهم و دهم بوده است.محمود احمدی‌نژاد در سال نخست ریاست‌جمهوری‌اش با این استدلال که دولت برای اجرای قانون اساسی نیازمند هیأت نظارت بر اجرای قانون اساسی نیست و می‌تواند از هر ظرفیتی برای انجام وظایف خود در اجرای قانون اساسی استفاده کند، این هیأت را منحل کرد.
حال رئیس‌جمهور در ۱۷ اسفند سال ۱۳۹۰ و شش سال پس از انحلال هیأت نظارت بر اجرای قانون اساسی، طی حکمی این هیأت را دوباره احیا کرده و اینگونه استدلال می‌کند که زمانی برداشت بنده این بود که نیازی به‌وجود این هیأت نیست، اما امروز به این نتیجه رسیده‌ام که وجود چنین هیأتی بسیار بسیار مورد نیاز و لازم است.
هیأت نظارت بر اجرای قانون اساسی که سابقه تشکیل آن به دوران اصلاحات بازمی‌گردد، در آن برهه با واکنش اعضای شورای نگهبان مواجه شد، اما این واکنش‌ها تنها مختص به دولت اصلاحات نبوده و در حال حاضر نیز که شاهد احیای مجدد این هیأت از سوی دولت اصولگرای احمدی‌نژاد هستیم، باز هم شورای نگهبان مخالف تشکیل این شورا است.
از لحاظ قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران، قوای سه‌گانه از هم مستقل هستند، بنابراین این امکان وجود ندارد که یک قوه اقداماتی فراقوه‌ای را درمورد سایر قوا انجام دهد که به منزله دخالت در آن قوا باشد، مگر آنکه مواردی که ورود پیدا می‌کند صراحتاً در قوانین به‌عنوان وظیفه آن قوه پیش‌بینی شده باشد.
بنابراین، تشکیل هیأت نظارت بر قانون اساسی توسط قوه مجریه و اعمال نظارت بر قوای دیگر استقلال قوا که در قانون اساسی بر آن تأکید شده را دچار اشکال قانونی می‌کند. از این‌رو باید گفت که اعمال نظارت درون قوه مجریه برای اجرای بهتر قانون‌اساسی و پیگیری اصول بر زمین‌مانده آن کاری مفید به‌نظر می‌رسد، ولی اگر قوه مجریه درصدد تسری نظارت خود به قوای دیگر باشد در این صورت اصل تفکیک قوا را نقض کرده است.
با گذشت چهار‌ماه از تشکیل هیأت نظارت بر قانون اساسی، سرانجام شورای نگهبان در پاسخ به درخواست هیأت عالی حل اختلاف و تنظیم روابط قوای سه‌گانه درباره بررسی اختیارات ریاست‌جمهوری بر اجرای قانون اساسی، نظر خود را اعلام و در نامه‌ای تأکید کرد که رئیس‌جمهور موظف به نظارت بر مواردی که قانون اساسی تشخیص برداشت نوع و کیفیت اعمال اختیارات و وظایفی را به‌عهده مجلس خبرگان رهبری، شورای نگهبان، مجمع تشخیص مصلحت نظام، مجلس شورای اسلامی، قوه قضاییه و هر مقام و دستگاه دیگری که قانون اساسی به آنها اختیارات یا وظیفه‌ای محول کرده است، نیست و تشکیلات مرتبط با آن غیرقانونی است.
البته پیش از این نیز آیت‌الله آملی لاریجانی با خلاف قانون خواندن نظارت «هیأت نظارت بر قانون اساسی» به تمام دستگاه‌ها گفته بود که قوه‌قضاییه اجازه ورود بازرسان و اعضای این هیأت به دستگاه قضایی را نخواهد داد. علی لاریجانی هم در واکنش به این اقدام رئیس‌جمهور در احیای هیأت نظارت بر اجرای قانون اساسی گفته بود که این هیأت فقط برای قوه مجریه است و حرفش برای قوای دیگر مسموع نیست.
تمایل برای ایجاد نظارتی فراقوه‌ای ازسوی قوه مجریه سرانجام هیات نظارت بر اجرای قانون اساسی را به بن‌بست کشاند. حال امید این می‌رود که دولت دهم در سال پایانی عمر خود حداقل در قوه مجریه قانون‌گرایی ملموس‌تری را از خود بروز دهد.
